Interpelacja w sprawie skutków niedostępności KSeF dla rozliczeń podatku VAT

Interpelacja posła Janusza Kowalskiego z dnia 25 lutego 2026 roku w sprawie skutków niedostępności Krajowego Systemu e-Faktur dla rozliczeń podatku VAT oraz zasad obsługi certyfikatów KSeF.

W praktyce funkcjonowania Krajowego Systemu e-Faktur ujawniają się problemy o charakterze techniczno-proceduralnym, które mogą wpływać na prawidłowość i terminowość rozliczeń podatku od towarów i usług, mimo zachowania przez podatników należytej staranności.

Pierwszy z nich dotyczy sytuacji wystawienia faktury korygującej in minus w okresie niedostępności Krajowego Systemu e-Faktur. W obowiązującym stanie prawnym podatnik, który skutecznie doręczył taką korektę kontrahentowi w czasie niedostępności systemu, nie ma możliwości obniżenia podatku należnego do momentu faktycznego przesłania dokumentu do KSeF. Oznacza to, że skuteczność doręczenia korekty oraz jej akceptacja przez nabywcę nie wywołują skutków podatkowych do czasu przywrócenia pełnej funkcjonalności systemu i technicznego przyjęcia dokumentu. W praktyce może to prowadzić do przesunięcia momentu rozliczenia podatku należnego, niezależnie od okoliczności pozostających poza kontrolą podatnika.

Drugi problem dotyczy zasad obsługi certyfikatów wykorzystywanych do uwierzytelniania w Krajowym Systemie e-Faktur. W przypadku utraty hasła do certyfikatu brak jest możliwości jego odzyskania lub ponownego ustanowienia dostępu. Jedyną dostępną procedurą pozostaje unieważnienie certyfikatu oraz złożenie wniosku o wydanie nowego. Proces ten powoduje czasową utratę dostępu do systemu, co w praktyce może skutkować przerwą w wystawianiu i odbieraniu faktur ustrukturyzowanych, a tym samym zakłóceniem bieżącej obsługi rozliczeń podatkowych.

Opisane zagadnienia wskazują na potrzebę oceny, czy obowiązujące rozwiązania techniczne i proceduralne Krajowego Systemu e-Faktur w wystarczającym stopniu uwzględniają sytuacje nadzwyczajne oraz ryzyka operacyjne po stronie podatników, które nie wynikają z ich działań, lecz z ograniczeń systemowych.

Mając na uwadze powyższe, poseł Janusz Kowalski zwrócił się o odpowiedź na następujące pytania:

1. Czy Ministerstwo Finansów posiada dane dotyczące liczby faktur korygujących in minus wystawionych i doręczonych kontrahentom w okresach niedostępności KSeF, które zostały przesłane do systemu dopiero po jego ponownym uruchomieniu?

2. Czy w przypadku długotrwałej niedostępności KSeF Ministerstwo Finansów przewiduje możliwość uwzględniania korekt in minus w rozliczeniu podatku VAT na podstawie skutecznego doręczenia dokumentu kontrahentowi, niezależnie od momentu jego późniejszego przesłania do systemu?

3. Dlaczego w obowiązującym modelu obsługi certyfikatów KSeF nie przewidziano procedury odzyskania lub ponownego ustanowienia hasła do certyfikatu, a jedyną dopuszczalną ścieżką jest jego unieważnienie i wydanie nowego?

4. Ile certyfikatów KSeF zostało dotychczas unieważnionych z powodu utraty hasła, według danych posiadanych przez Ministerstwo Finansów, oraz jaki był średni czas uzyskania nowego certyfikatu od momentu złożenia wniosku?

5. Jaki jest, według danych posiadanych przez Ministerstwo Finansów, średni oraz maksymalny czas braku dostępu podatnika do Krajowego Systemu e-Faktur, liczony od momentu unieważnienia certyfikatu KSeF z powodu utraty hasła do momentu skutecznego wydania i aktywacji nowego certyfikatu?

Oto odpowiedź Ministerstwa Finansów z dnia 20 marca 2026 roku:

Ministerstwo Finansów informuje, że w KSeF 2.0 nie wystąpiły dotychczas niedostępności systemu, o których mowa w art. 106nh ustawy o VAT ani awarie, o których mowa w art. 106nf ustawy o VAT.

Zakładając że sformułowane pytanie dotyczy faktur wystawianych w okresie trwania awarii Krajowego Systemu e-Faktur, o której mowa w art. 106ne ust. 1 ustawy o VAT-Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775, z późn. zm.), dalej: ,,ustawa o VAT”, podczas której podatnik wystawia faktury w postaci elektronicznej zgodnie z wzorem udostępnionym na podstawie art. 106gb ust. 8 tej ustawy, Ministerstwo Finansów informuje, że faktury wystawione w tym trybie są udostępniane nabywcy w sposób z nim uzgodniony.

Następnie w terminie 7 dni roboczych od dnia zakończenia awarii Krajowego Systemu e-Faktur, podatnik jest obowiązany do przesłania do KSeF wystawionych faktur, w celu przydzielenia numerów identyfikujących te faktury w tym systemie. Ministerstwo Finansów uprzejmie informuje, że w ustawie o VAT funkcjonuje od 1 lutego 2026 r. rozwiązanie prawne (art. 29a ust. 13a), które umożliwia - w przypadku uzyskania przez podatnika VAT potwierdzenia otrzymania przez nabywcę poza KSeF faktury korygującej in minus (innej niż faktura ustrukturyzowana)- dokonanie korekty (w okresie rozliczeniowym otrzymania tego potwierdzenia). Jest to przepis, który będzie miał zastosowanie również w przypadku awarii Krajowego Systemu e-Faktur.

Nie zmienia to faktu, że taki podatnik VAT (tj. wystawiający korektę faktury zgodnie z art. 106nf ustawy o VAT) może skorzystać z rozwiązania prawnego przewidzianego w art. 29a ust. 13b pkt 2 ustawy o VAT, zgodnie z którym obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej na wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, może dokonać w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym przesłałfakturę korygującą do KSeF. W takich przypadkach podatnik nie musi już oczekiwać na otrzymanie potwierdzenia otrzymania faktury korygującej przez nabywcę, może dokonać korekty w okresie wcześniejszym, tj. w dacie przesłania faktury do KSeF.

Przyjęte rozwiązanie w tym proces generowania klucza prywatnego oraz certyfikatu w systemie KSeF został zaprojektowany zgodnie z obowiązującymi standardami bezpieczeństwa kryptograficznego oraz dobrymi praktykami w zakresie ochrony tożsamości cyfrowej. Klucz prywatny generowany jest po stronie przeglądarki użytkownika i zapisywany lokalnie na jego urządzeniu. Z przyczyn bezpieczeństwa nie trafia on na serwery KSeF, a co za tym idzie nie jest on przechowywany po stronie systemuKSeF.Oznacza to, że jego ponowne pobranie nie jest technicznie możliwe. Takie rozwiązanie jest świadomym i standardowym mechanizmem ochrony danych kryptograficznych, stosowanym powszechnie w systemach opartych o certyfikaty, infrastrukturę klucza publicznego oraz mechanizmy bezpieczeństwa typu „zero knowledge”.

Analogicznie, hasło do klucza prywatnego również nie jest przechowywane w systemie i nie podlega procedurze odzyskiwania, co wynika bezpośrednio z zasad bezpieczeństwa kryptograficznego, a nie z braku funkcjonalności systemu. W przypadku utraty klucza prywatnego lub hasła do niego, prawidłową i bezpieczną procedurą jest unieważnienie certyfikatu oraz wygenerowanie nowego, co jest rozwiązaniem standardowym w systemach certyfikacyjnych i nie stanowi naruszenia zasad bezpieczeństwa.

Jednocześnie wyjaśniamy, że: klucz prywatny jest automatycznie zapisywany na urządzeniu użytkownika, pod nazwą wskazaną przez użytkownika z rozszerzeniem .key, aby ułatwić zarządzanie tym materiałem kryptograficznym; proces generowania certyfikatu w KSeF pomimo asynchronicznej natury obsługi wniosku certyfikującego pozwala użytkownikowi pobrać certyfikat natychmiastowo lub w ciągu kilku sekund; w przypadku utraty klucza nie występuje blokada systemowa - użytkownik powinien niezwłocznie unieważnić certyfikat i wygenerować nowy dla swojego bezpieczeństwa. Jest to powszechna praktyka stosowana również w przypadku certyfikatów kwalifikowanych.

Na dzień 17.03.2026 r. zostało unieważnionych 257 069 certyfikatów na 1 967 609 wygenerowanych od 1.11.2025 r. Ministerstwo Finansów nie dysponuje danymi dotyczącymi liczby certyfikatów unieważnionych z powodu utraty hasła. Natomiast detale operacyjne systemów stanowiących kluczowe elementy infrastruktury IT administracji publicznej pozostają objęte ograniczeniami informacyjnymi ze względów bezpieczeństwa.

Dostęp do Krajowego Systemu e-Faktur dla podatnika, lub osoby/podmiotu działającego w jego imieniu jest ciągły – o ile posiada uprawnienia do wykonywania czynności w systemie. Wygenerowanie certyfikatu KSeF po poprawnym złożeniu wniosku w większości przypadków jest realizowane bezzwłocznie.

Źródło: www.sejm.gov.pl